ニコニコ動画でよく見るeco=1の意味

意味はありません。これをコメントしたところで何も起こりません。
そもそもコメント欄から実行できるコマンドは実装されていません。

なぜこんなコメが増えたのか。

おそらくですが、最初に誰かがeco=1などというコメントをして、それを見たユーザがそのコメントすると何か起こるんじゃないかとコメントをしたのをまた別のユーザが見てコメントする...という感じでしょうかね。
無限ループって怖くね
もうひとつの理由としては2008年のエイプリールフールで公式が実装したネタスクリプトです。

/倍速や/hidden @ピザなどは2008年のエイプリールフールのネタがユーザの間で意味もわからず派生して現在までずるずる引きずられてる感じでしょう。

これらのコメントは他のコメントが流されたり、他のユーザが真似しますし、色々と悪影響があるので意味もわからず安易にコメントしないようにしましょう。

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